1939 m. vadovavimą Karo mokyklai jis perdavė plk. Kaziui Skučui, o netrukus viršininku buvo paskirtas brig. gen. Jonas Juodišius [2, p. 349].

Jis vadovavo iki 1940 m. vasaros kuomet Sovietų Sąjunga okupavo Lietuvą. 1941 m. buvo suimtas, 1950 m. žuvo Abezės lageryje. Tai buvo paskutinis Nepriklausomos Lietuvos Karo mokyklos viršininkas [6, p. 72].

Pradėjus Lietuvos kariuomenės inkorporavimą į Raudonosios armijos sudėtį, Karo mokykla buvo pertvarkyta į Raudonosios armijos pėstininkų karo mokyklą. 1941 m. birželio 22 d. prasidėjus Vokietijos – SSRS karui Karo mokykla nustojo egzistavusi [2, p. 349]. Taip buvo sužlugdyta pakankamai sutvirtėjusi Lietuvos karininkų rengimo sistema [2, p. 157].