1940 m. balandžio 22 d. Respublikos Prezidento aktu Nr. 533 kariuomenės vadu buvo paskirtas brig. gen. Vincas Vitkauskas.

Tam nepritarė krašto apsaugos ministras Kazys Musteikis – jis siūlė

div. gen. Miko Reklaičio

arba div. gen. Stasio Pundzevičiaus kandidatūras [1, p. 13].

1940 m. birželio 1 d. Lietuvos kariuomenėje buvo 28.005 žmonės. Kariuomenę sudarė 3 pėstininkų divizijos – 9 pėstininkų pulkai, 4 artilerijos pulkai, 5 priešlėktuvinės motorizuotosios kuopos; kavalerija – 3 kavalerijos pulkai ir 3 raitosios baterijos; karo aviacija – 3 aviacijos grupės, sudarytos iš 8 eskadrilių, 3 aerodromo apsaugos kuopos bei karo aviacijos mokykla; karo technikos dalys – šarvuočių rinktinė, 2 inžinerijos batalionai, automobilių rinktinė (vad. „autorinktinė"), ryšių batalionas ir karo laivas „Prezidentas Smetona"; priešlėktuvinės apsaugos rinktinė bei karo mokykla. Kariuomenės sandėliuose parengtas mobilizacinis rezervas, tad prireikus buvo galima apginkluoti ir aprūpinti 130.000 žmonių kariuomenę [5, p. 150].

1940 m. birželio 14 d. sovietai įteikė ultimatumą ir įvedė papildomus kariuomenės dalinius. Lietuva buvo kaltinama 1939 m. spalio 10 d. sutarties nesilaikymu. Lietuvos vyriausybė neišdrįso kariuomenei duoti įsakymo priešintis. 1940 m. birželio 15 d. prasidėjo Lietuvos valstybės sovietinė okupacija. Nesipriešinimo pasekmės buvo skaudžios. Lietuva įjungta į Sovietų Sąjungos sudėtį, Lietuvos kariuomenė nustojo egzistuoti [3].