Maskvos pasiuntinio Lietuvoje Vladimiro Dekanozovo nurodymu prasidėjo kariuomenės valymas. Pirmieji buvo suimti Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministras atsarg. brig. gen. Kazys Skučas, Ginklavimo valdybos Bendrojo skyriaus viršininkas plk. Mykolas Kalmantas, kariuomenės prokuroras brig. gen. Emilis Vimeris, Šaulių sąjungos vadas plk. Pranas Saladžius ir daugelis kitų.

1940 m. birželio 19 d. iš kariuomenės buvo pašalinti karininkai, pasitraukę į užsienį kartu su Respublikos Prezidentu. Birželio 20 d. prasidėjo masinis karininkų šalinimas iš kariuomenės, įsakyme nurodant priežastį „pačiam prašant". Daugeliui suimtųjų karininkų atleidimo iš kariuomenės įsakymai buvo rašomi tik po jų arešto, taigi dar keisčiau skamba jų atleidimo formuluotė „pačiam prašant". 1940 m. liepos 3 d. buvo paskelbtas Lietuvos kariuomenės pertvarkymo įstatymas. Ji buvo pavadinta Lietuvos liaudies kariuomene. <...> 1940 m. rugpjūčio 27 d. Lietuvos liaudies kariuomenė, egzistavusi 56 dienas, buvo panaikinta [1, p. 14].